ドメインとは、インターネット上の住所となる情報です。
住所が任意に作成できないものであるのと同様に、ドメインも所有権が管理されている情報です。
LINE WORKSで自社のドメインを使用するためには、既存の自社ドメインの所有権をLINE WORKSサービスに対して証明する設定が必要になります。そのドメインを所有しているという証明作業がドメイン所有権の確認です。

補足
LINE WORKSが提供するドメインを使用する場合は、ドメイン所有権の確認は不要です。